La Missione si trascinava in una lenta agonia. Durante queste tristi vicende il sacerdote Don Daniele Comboni, oriundo di Limone sul lago di Garda, rafforzatosi in salute, con infaticabile e rara energia guadagnossi l'appoggio di varie Società benefattrici e fondò in Verona un istituto di missionari.

In seguito del che Pio IX affidò a questo istituto veronese il Vicariato dell'Africa centrale e nominò il Comboni Provicario apostolico il 26 maggio 1872; da questo punto comincia una nuova fase per la Missione.

A voler enumerare e descrivere tutti i pericoli, le fatiche, le privazioni e gli stenti sostenuti da Monsignor Comboni durante i suoi viaggi e durante le sue escursioni nel centro dell'Africa dovrei allontanarmi dallo scopo che mi sono prefisso, che è quello di dare semplici cenni sulle Missioni dell'Africa centrale.

Il Comboni ampliò la stazione di Khartoum, fondò quella di El-Obeid nel Cordofan, nel Dar-Nuba quella di Delen, un'altra a Berber, non che due case di acclimatazione nella città di Cairo.

Provvide pure all'educazione delle ragazze indigene del suo Vicariato mediante suore di carità. Con frequenti esplorazioni arricchì la scienza geografica di importanti e preziose scoperte ed era potente apostolo dell'abolizione della tratta dei neri.

In seguito a questi splendidi risultati con Breve pontificio del 31 luglio 1877 Monsignor Comboni venne nominato Vicario apostolico e Vescovo titolare di Clandiopoli.

Le fatiche immense sostenute dall'egregio Vescovo per la propagazione della fede e della civiltà nel Soudan logorarono prima del tempo le sue forze erculee. Soccombette a Khartoum il 10 ottobre 1881.

La morte del primo Vescovo del Soudan preparava per la Missione e per l'intero Soudan un'epoca di tristi eventi che perdurano tuttora. La ribellione del Mhadi e de' suoi seguaci esterminò tutta la fiorente Missione.

Nel giorno 15 settembre 1882 fu devastata la stazione di Delen, i neri cristiani massacrati in gran parte e le suore ed i missionarii condotti in dura prigionia.

La stessa cosa accadde alla stazione di El-Obeid, dopo l'avvenuta capitolazione della città (19 gennaio 1883), mentre la colonia di Malbes era già stata incendiata nel maggio del 1882. Il nuovo Vicario apostolico, eletto il 22 settembre 1882 nella persona di Monsignor Francesco Sogaro, non poteva più fare altro che salvare il personale e la cristianità negra di Khartoum ritirandoli prima a Scellal e poi al Cairo.