Era allora Provicario apostolico e capo della Missione il Padre Ryllo che, assalito dalle febbri micidiali di quelle contrade, soccombette e venne sostituito nella direzione della Missione dal sacerdote e dottore Knoblecher. Khartoum doveva essere la base per nuove fondazioni nei paesi più centrali dei negri.
Nel 1849-50 Knoblecher ed il missionario Vinco raggiunsero il punto estremo toccato dalla spedizione egiziana del 1841, cioè il 4º e 12' di latitudine settentrionale e vi fondarono la stazione di Gondocore nel paese dei Bari. Mentre il Vinco visitava i Bari, ne studiava lingua e costumi ed esplorava il corso del Nilo e dei suoi affluenti, il dottor Knoblecher tornava in Europa per provvedersi di nuovo personale e mezzi per le imprese fra i Bari.
Dappertutto incontrò simpatie ed aiuti. A Vienna ottenne alla sua Missione il protettorato di S. M. l'imperatore Francesco Giuseppe e vi fondò l'Associazione mariana destinata a raccogliere i mezzi necessari. Il numero dei missionari aumenta; dall'Italia, dall'Austria e dalla Germania sacerdoti zelanti volano a Khartoum e sul fiume bianco.
Le tre stazioni di Khartoum, di Gondocore pei Bari, di Santa Croce pei Dinka fioriscono, e gran numero di neri vengono educati nelle diverse scuole.
Grandi furono invero i meriti dei missionari per concorrere all'abolizione della tratta dei negri. Anche per la scienza geografica e linguistica si adoperano con lodevole zelo, ed i risultati delle loro esplorazioni sul Nilo bianco, sul Nilo azzurro, al Fazogl, a Benisciangol, sul Sobat e nel paese dei Ghogh, non che dei loro studî sulle lingue del Nilo bianco, massime dei Dinka e dei Bari, sono registrati negli annali della propagazione della fede di Lione, di Parigi, di Vienna, nei Bollettini delle varie Società geografiche e nelle opere di egregi scrittori.
Ma il clima micidiale impedì lo sviluppo di un'opera così benemerita e minacciò l'esistenza stessa della Missione. Basti il dire che dal 1848 al 1860 ventitrè missionari lasciarono la vita e fra questi gli italiani Vinco, Castagnaro, Oliboni, Melotto (tutti della provincia di Verona), mentre nove ritornarono in Europa colla salute affranta. Fra questi gli italiani Pedemonte, Zara, Beltrame, Comboni, Dal Bosco.
Il 13 aprile 1858 morì il sacerdote dottore Knoblecher Provicario apostolico, il quale aveva diretta la Missione con somma operosità e l'aveva portata ad un notevole stato di floridezza.
A lui successe, come Provicario apostolico, il bavarese Monsignor Matteo Kirchner che fondò la stazione di Scellal presso Assouan (1ª Cateratta); ma continuando la morte a diradare le file dei missionari, monsignor Kirchner fu costretto a consegnare la Missione all'ordine serafico nel 1861. Il nuovo Provicario, Padre Giovanni Reinthaler condusse seco nello stesso anno dall'Europa 34 Francescani, una parte dei quali morirono durante il disastroso viaggio, ed egli pure soccombette a Berber.
In tale frangente la necessità impose di abbandonare le stazioni di Gondocoro e Santacroce sul Nilo bianco, limitandosi a tener quelle di Khartoum e di Scellal.