Venne fondato dagli scienziati, che accompagnarono Bonaparte all'epoca della spedizione francese ed esiste tuttora.
Nel 1859 ebbe vita prospera specialmente per opera di un italiano Colucci Bascià Direttore della Sanità in Egitto, il quale, senza essere uno scienziato nello stretto senso della parola, possedeva una facoltà eccezionale di assimilazione e sapeva con rara abilità attirare attorno all'Istituto le migliori intelligenze del paese e straniere.
Furono dopo di lui Presidenti i celebri e dotti egittologi Mariette Bascià, Maspero, Grebaut; in seguito il Dottore Schweinsueth ed attualmente S. E. Artin Bascià Jacub, sotto-segretario di Stato all'Istruzione Pubblica, uomo dotto ed attivo, che seppe in parecchi anni ricondurre l'Istituto agli antichi splendori.
L'Istituto si compone di 50 membri residenti, che rappresentano i cinquanta Immortels del Cairo.
Nei tempi addietro gli italiani vi erano in maggioranza, ora questa è passata ai francesi.
D'italiani vi figurano tuttodì il dottore Abbate Bascià Vice Presidente, l'Avvocato Tito Figari, il Dottore Bonola, l'Avvocato Luserna ed il signor Washington Abbate.
I membri onorari sono in numero illimitato. Fra questi, come italiani, figurano Ernesto Schiapparelli ed il Dottore Sonsino.
L'Istituto pubblica un bollettino mensile e tratto tratto un volume di memorie. Queste pubblicazioni scientifiche si riferiscono generalmente all'Egitto ed offrono un grande interesse.
Il Governo accorda all'Istituto i locali occorrenti ed un'annua sovvenzione di Lire egiziane 390 corrispondenti a lire italiane 10,140.